Cum se calculează scorul LOD

Scorul LOD sau logaritmi

conținut

Pași
Metoda 1când descendența este mică
Metoda 2când mărimea descendenței este mare
Sfaturi
Lucruri de care ai nevoie

din probele de punctare, este un test statistică utilizat în analiza legăturii genetice. Scorul LOD compară probabilitatea obținerii datelor de testare dacă cele două loci sunt legate de probabilitatea obținerii datelor de testare dacă cele două loci nu sunt legate.

pași

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 1

Există două cazuri pentru a calcula scorul LOD. Cel mai folosit este atunci când aveți un număr mic de descendenți. În acest caz, utilizați următoarea metodă numită "atunci când mărimea descendenței este mică". În cazul în care dimensiunea descendenței este mică și credeți că numărul de recombinanți și non-recombinanți care reprezintă tocmai distanța genetică între două gene (care sunt rare în genetica umană), utilizați metoda de mai jos titlul "atunci când mărimea descendenței este mare" .

Metoda 1
Când descendența este mică

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 2

Aceasta presupune o anumită distanță genetică între două gene (între 0 și 0 și 50 cM). Să presupunem că luați distanța genetică (r) ca 0.1.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 3

Se presupune că are 13 persoane, din care 2 sunt recombinanți. Probabilitatea non-recombinantelor va fi 1-r = 1-0,1 = 0,9

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 4

După cum doriți să urmăriți fiecare genotip, împărțiți-l cu 2: (1-r) / 2 = 0,45. Probabilitatea recombinanților va fi r / 2 = 0,1 / 2 = 0,05

Probabilitatea datelor în cazul în care cele două gene sunt legate este ((r / 2) ^ R) * (((1-r) / 2) ^ NR) unde R = # de recombinanți și NR = # de non-recombinanți. Apoi probabilitatea datelor dacă cele două gene sunt legate este ((0.45) ^ 11) * ((.05) ^ 2)

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 4Bullet1

Probabilitatea datelor dacă cele două gene nu sunt legate este (0,25) ^ (R + NR) = (0,25) ^ 13

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 4Bullet2

Acum, probabilitatea logaritm = (probabilitatea de date în cazul în care cele două gene sunt legate) / (probabilitate dată în cazul în care cele două gene sunt neconectate). Apoi, probabilitatea log = (((0,05) ^ 2) * ((0,45) ^ 11)) / ((0,25) ^ 13) = 25,7

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 4Bullet3

Scorul vasului va fi log10 (25,7) = 1,41.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 4Bullet4

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 5

Repetați acest proces pentru r ca 0, 0.01, 0.03, 0.05, 0.3 și 0.5.

Valoarea maximă a scorului LOD pe care îl obțineți este răspunsul corect. Distanța genetică pe care ați presupus-o este, probabil, distanța curentă dintre cele două gene de interes.

Imaginea intitulată Calculează scorul LOD Pasul 5Bullet1

Metoda 2
Când mărimea descendenței este mare

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 6

Stabiliți un arbore genealogic pentru două loci de interes. Cu cât colectați mai multe date, cu atât mai bine.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 7

Se determină numărul de recombinanți și numărul de non-recombinanți. De exemplu, se presupune că alelele A1 și B1 din locația 1 provin de la un părinte, iar alelele A1 și B2 din locația 2 provin de la celălalt. Moștenirea descendenței A1B1 sau A2B2 este nerecombinantă, în timp ce moștenirea descendenților A1B2 sau A2B1 este recombinantă.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 8

Calculați probabilitatea obținerii rezultatelor presupunând că cele două loci sunt legate. Acesta este dat de (R / (R + NR)) (R) ((1- (R / (R + NR))) (NR), unde R = numărul de recombinanți NR = numărul de nerecombinanți.

De exemplu, în sistemul de grup sanguin MNS, M și S sunt legate, iar N și S sunt legate. Presupunem că în 100 de persoane aleatorii, 25 haplotipuri au MS, MS 30 are haplotipuri, 6 sunt haplotipuri NS, iar 39 au Ns haplotipo.Como M și S oameni sunt legate și N ys sunt legate, MS și Ns sunt non-recombinant și Ms și NS sunt recombinanți.

Astfel, numărul recombinanților este = R6 = 36 = 30+, în timp ce numărul de non-recombinant este = NR = 25 + 39 = 64. Frecvența recombinantă este R / (R + NR) = 36 / (36 + 64) = 0,36.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 8Bullet2

Probabilitatea obținerii rezultatelor presupunând că cele două locusuri sunt legate este dată de ((0,36) ^ 36) * ((1- (0,36)) ^ 64) = 4.19187538 * 10 ^ -29.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 8Bullet3

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 9

Calculați probabilitatea obținerii rezultatelor presupunând că cele două loci sunt legate. Acestea sunt date de 0,5 ^ (NR + R). În exemplul anterior, este de 0,5 ^ (64 + 36) = 0,5 ^ 100 = 7,88860905 × 10 ^ -31.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 10

Împărțiți probabilitatea obținerii rezultatelor presupunând că cele două loci sunt legate (de la pasul 3 de mai sus), probabilitatea obținerii rezultatelor presupunând că cele două loci nu sunt legate (de la pasul 4 de mai sus). De exemplu, este egal cu 4.19187538 * 10 ^ -29 / 7.88860905 × 10 ^ -31 = 53.14.

Luați logaritmul de bază 10 al relației obținute anterior (pasul 5). De exemplu, log 53,14 este egal cu 1,73.

sfaturi

Pentru interpretarea scorului LOD, un scor LOD mai mare de 3,0 este considerat a fi o dovadă a liniei. Un scor LOD de +3 indică faptul că 1000 la 1 probabilități că legătura observată nu sa întâmplat din întâmplare. Pe de altă parte, un scor LOD de mai puțin de -2,0 este considerat o dovadă care exclude o legătură. În exemplul anterior, scorul LOD +1.73, link-ul este asumat, dar nu este confirmat. Numărul mai mare de puncte de date va crește scorul LOD dacă legătura există prin analiză.